Por lo general, las gastroenteritis virales y las infecciones con Salmonella y E. coli, se curan sin necesidad de medicamentos., eEn estos casos puede ser suficiente el reposo y la administración de re hidratantes orales.
En gastroenteritis por Shigela, el médico puede prescribir algunos antibióticos con el fin de acortar la duración de la enfermedad. Las infecciones por Giardia se tratan con medicamentos antiparasitarios como el metronidazol y la forazolidona.
También, como parte del tratamiento, el médico entrega algunas recomendaciones dietéticas como una dieta astringente o de limpieza, en la que se evita el consumo de azúcares, productos lácteos y verduras, y se enfatiza el consumo de carnes magras y harinas.
No es recomendable tomar antidiarreicos sin que sean ordenados por el médico; hay algunos tipos de gastroenteritis en las que estos productos están contraindicados.