El tratamiento depende de la causa de la prostatitis. Cuando es por infección, se emplean antibióticos como Ciprofloxacina y Trimetoprim-Sulfametoxazol, los cuales se toman por varias semanas. También se pueden emplear medicamentos como Ibuprofeno y Naproxeno para aliviar la inflamación y el dolor de la próstata. Los medicamentos para prevenir o tratar el estreñimiento también hacen parte del esquema de manejo. En los casos de prostatitis crónica sin infección, se prescriben medicinas para la inflamación y el dolor como los señalados antes, para relajar los músculos de la próstata y para disminuir el crecimiento de la misma.