El tratamiento debe llevarse a cabo en el medio hospitalario dada la gravedad de la condición para la vida del paciente e incluye administración de oxígeno, uso de anticoagulantes para prevenir la formación de nuevos trombos y en los casos en que sea posible, la disolución del coágulo mediante la aplicación de medicamentos especiales.
En los pacientes con tromboembolismo pulmonar masivo y en los que tienen contraindicaciones para el uso de anticoagulantes o no responden en forma adecuada al tratamiento médico, puede ser necesario llevar a cabo el retiro de los coágulos mediante un procedimiento quirúrgico.